במהלך כל תקופת הסגר פעלו בגן הבוטני בירושלים והקימו 47 גינות לימודיות בגני ילדים ברחבי העיר, כך שחלק מהילדים שחזרו לאחרונה למערכת החינוך הגיעו לגן עם גינה ירוקה אשר באמצעותה הם יוכלו ללמוד על חקלאות ומזון, על הטבע ועל עונות השנה. ברגע שיחזרו גם בתי הספר מתכוונים בגן הבוטני להקים יחד עם התלמידים כ20 גינות לימודית נוספות ברחבי העיר כולה.
תכנית הגינות הלימודיות הינה תכנית דגל של הגן הבוטני, באמצעותה הוא משפיע על העיר שמחוץ לגבולות הגן ומנגיש את הטבע לכולם. עד כה הוקמו כ250 גינות לימודיות ברחבי העיר, כאשר החזון של התכנית שנרקמת בגן הבוטני האוניברסיטאי מזה מספר שנים הוא להקים גינה לימודית בכל גן ילדים ברחבי העיר ירושלים.
כחלק מחזון העל לשמש מנוע להפיכת ירושלים למודל בינלאומי של עיר בת-קיימא שמאפשרת איכות חיים (well-being) עבור אזרחיה ומקדמת מגוון אנושי ומגוון אקולוגי עירוני, מתקיימות מספר רב של תכניות שאחת מהן היא תכנית גינות לימודיות. מטרתן העיקרית של הגינות הלימודיות היא חיזוק הקשר של ילדי ירושלים לאדמה, לצומח ולחי באמצעות הקמת גינות בחצרות גני הילדים ובתי הספר. הגינות משמשות כמרחב למידה חוץ כיתתי ייחודי הפעיל לאורך כל השנה.
תכנית הגינות הלימודיות פועלת זו השנה החמישית בשיתוף עם עיריית ירושלים. בכל שנה מוקמות מעל ל60 גינות לימודיות בגני ילדים ובתי ספר ובכך מביאים את הגן הבוטני לחצר הגן.
"עכשיו יותר מתמיד הגינות הלימודיות שאנו מקימים ברחבי ירושלים נותנים כלי חינוכי משמעותי לגננות ולמורות ומספקות אלטרנטיבה ללמידה בכיתה" אומר יותם רשף, מנהל ההאב לקיימות עירונית בגן הבוטני," לרבים מהילדים והילדות אין נגישות קבועה לטבע, לצמחיה ולירוק, הקמת גינה מקיימת בגן מאפשרת לילדים מגע ישיר ומוחשי עם הסביבה, התנסות בעבודת האדמה ולמידה של תהליכים שונים המתרחשים בטבע, כמו מעגל עונות השנה ותהליכים של צמיחה, התפתחות והשתנות מזרע לפרי. החיבור לגינה וההנאה מהעבודה בה, מפתחים בקרב הילדים את הבסיס להבנת יחסי הגומלין בין האדם לאדמה ולעולם הצומח ומגבירים את המודעות הסביבתית, האחריות והחמלה כלפיהם".
לדברי רשף "האפשרות ליצירת מקום לימוד "אחר" בגן – פיתוח סקרנות ולימוד תהליכי חקר אצל הילדים, בדגש על הרחבת הלימוד החוץ כיתתי כחלק משגרת היום הקבועה בגן. חינוך לאחריות ולאורח חיים מקיים והרחבת ההשפעה להורים ולקהילה הסובבת את הגן".
העבודה בגינה מזמנת הנאה ושמחת יצירה, מעודדת ומטפחת בקרב הילדים סקרנות, יכולות התבוננות והבנה של תופעות המתרחשות בטבע וכוללת מעקב אחר התהליכים השונים. רשף מוסיף עוד כי ,הגינה מאפשרת פעילות, התנסות ולמידה חוץ כיתתית בכל ימות השנה. יכולת הפליאה, ההיכרות ,הידע וההבנה של יחסי הגומלין בסביבה הטבעית, חשובים על מנת שנגדל דור של אנשים, שיעריכו וייקחו אחראיות למשאבים הטבעיים של העולם וידעו לשמור על מגוון הצמחים".
עיקר הגידולים הגדלים בגינות הם ירקות, צמחי תבלין ומעט עצים, כאשר המטרה היא להתמקד בצמחי תועלת אשר הילדים יכולים לטעום וליהנות מהיבול, בנוסף מקווים בגן הבוטני כי ההשפעה הזו תחלחל ותשפיע על בתי הילדים והמשפחות הן מבחינה של צריכה בריאה, תזונה בריאה ואפילו גידול מזון בבית.
תום עמית, מנכ"ל הגן הבוטני מציין כי "הגן הבוטני האוניברסיטאי ישמח להגיע לכל מקום, גן ילדים בית ספר ואפילו בתי אבות ולהקים מרחבים ירוקים מותאמים. אין ספק שטיפול בגינה ובצמחים מעביר זמן, מכניס רוגע ושלווה והרבה בריאות לחיינו, זה בדיוק מה שצריך בימים אלה".